為貫徹落實《若干意見》文件精神，中國農科院充分考慮農業科研工作的特點，堅持“放管服”相結合，加強頂層設計，搭建制度橋梁，謀劃制度體系。研究并確定了包括差旅費、會議費、橫向經費等管理辦法在內的22項制度建設清單，按時間節點要求出臺了13項內部管理制度。
對于一直困擾科研單位的院士、教授等正高級職稱人員和相應管理人員乘坐交通工具等級和住宿費標準問題，以及到科研基地進行科研活動的報銷等事項，中國農業科學院在參照《中央和國家機關差旅費管理辦法》的基礎上，制訂了該院差旅費管理辦法。
1.解決了各類科研人員差旅費報銷執行標準的問題
制度明確：院士按照部級人員標準乘坐交通工具和報銷住宿費；研究員等正高級專業技術人員、三級四級管理人員和副所局級人員按照司局級人員標準乘坐交通工具和報銷住宿費；博士后研究人員、邀請國內外專家、外聘及返聘人員，按照其專業技術職務情況參照執行；研究生因公出差所發生的城市間交通費、住宿費、伙食補助費和市內交通費，按其余人員級別報銷。
2.明確了自駕車或者租車報銷的規定
制度規定：對于在偏遠、邊境地區開展考察、調研、試驗和檢測監測等工作，受地理環境和當地條件限制，必須自駕或者租車前往的，經單位領導和財務主管批準，租車費可以據實報銷，發生的汽油費和過橋費憑據報銷，并且報銷金額原則上控制在城市間交通費最低標準內。
3.重申了難以取得住宿費發票的差旅費報銷問題
制度明確要在確保真實性的前提下，據實報銷城市間交通費，并按規定標準發放伙食補助和市內交通費。
為了有效地解決科研業務會議行政化管理帶來的諸多問題。該院結合科研單位的特點，按照會議內容將會議分為行政會議和業務會議。規定院常務會議僅審批以中國農業科學院名義召開的會議；其他會議審批權限授權給各研究所所務會以及機關各部門局務會。
同時，為了與差旅費管理辦法進行有效銜接，制度對參加會議的院士及國內外知名專家（二級或相當二級以上研究員技術職務專家）達到參會人數三分之一及以上的業務會議，本著實事求是的原則，規定了其綜合定額標準可提高20%。對邀請國內外專家、學者和有關人員參加會議所發生的城市間交通費、國際旅費、咨詢費、講課費、評審費，明確規定可由主辦單位在會議費等費用中報銷。
為加強財務與科研工作的有效銜接，保障資金使用安全和科研工作有序開展，讓科研人員潛心從事科學研究，促進該院科研項目順利實施，該辦法要求院屬研究所堅持遵循規律、靈活多樣和協調建設的原則，建立健全科研財務助理管理制度。在崗位職責方面，要求科研財務助理在科研團隊中兼具科研管理與財務管理雙重職能，既要協助團隊負責人加強團隊預算管理（包括預算編制、執行、決算審計和項目驗收等），又要做好科研服務（即協助撰寫科研項目申請書或結題報告等材料，負責團隊檔案管理及相關信息收集、傳播等）工作，充分發揮在科技創新工作中的橋梁紐帶作用；在人員配備方面，要求規模大、任務多的團隊，可以項目組為單元設置科研財務助理，規模小的團隊也可以采取聯合的方式設置科研財務助理；在薪酬管理方面，要求院屬單位對在編兼職履行科研財務助理職責的人員進行績效考核時，充分體現其承擔的兼職工作，對編制外聘用人員充分考慮其崗位的特殊性，合理確定其薪資標準；在資金解決渠道方面，明確科研財務助理所需費用可根據情況通過科研項目資金等渠道解決。（轉載于銳動源）